هدف از تحقیق حاضر بررسی تنوع ژنتیکی بچه­ماهیان کلمه (Rurilus rutilus caspicus) حاصل از زاده­های مولدین وحشی، پرورشی و ترکیبی با استفاده از 5 نشانگر ریزماهواره (CA1،CA7،CypG27،Lid1،Rru4) بود. در مجموع 90 عدد بچه ماهی (30 نمونه از هر جمعیت) صید و جهت بررسی­های ژنتیکی در الکل اتیلیک 96 درصد به­منظور استخراج DNA نگهداری شد. متوسط تعداد الل در سه جمعیت وحشی، پرورشی و ترکیبی به ترتیب 4/10، 4/10 و 9 بود در مجموع، تعداد 29 الل در هر سه جمعیت مشاهده گردید. تعداد آلل موثر از زاده­های وحشی، پرورشی و ترکیبی به ترتیب 78/6، 58/7 و 80/6 آلل در سه جمعیت بود. فراوانی الل در میان جمعیت­های وحشی، پرورشی و ترکیبی به ترتیب 7، 8 و 8 بود. همه کاهش فراوانی الل در ماهی وحشی به­خاطر هم­خوانی و رانش ژنتیکی بود. میانگین ارزش هتروزیگوسیتی مشاهده شده (Ho) در زاده­های جمعیت وحشی، پرورشی و ترکیبی به ترتیب 85/0، 77/0 و 85/0 بود.  همچنین هتروزیگوسیتی موثر (He) در جمعیت وحشی، پرورشی و ترکیبی به ترتیب 828/0، 859/0 و 849/0 بود. حدوا همه جایگاه­ها انحراف از تعادل هاردی-واینبرگ را نشان دادند. فاصله ژنتیکی در میان جمعیت زاده­های وحشی، پرورشی و ترکیبی به ترتیب 459/0، 298/0 و 684/0 به­دست آمد. نتایج حاصل از تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که تنوع درون افراد 90 درصد بود، درحالیکه این تنوع در میان آن­ها تنها 3 درصد بود. مقدار متوسط ضریب تمایز Fst  (032/0) نشان می­دهد که تمایز ژنتیکی کم بین سه جمعیت می­تواند توسط تعداد الل کم در سطح جمعیت توضیح داده شود. علاوه بر این، مهاجرت طبیعی (Nm) بین دو ایستگاه 394/7 به­دست آمد. تجزیه و تحلیل خوشه UPGMA بر اساس فاصله ژنتیکی نشان داد که جمعیت پرورشی و ترکیبی در یک شاخه جداگانه از شاخه جمعیت وحشی قرار دارند.