این بررسی با هدف شناسایی و تعیین فراوانی ماهیان رودخانه شور طی سال های 91-1390 انجام شد. تعداد 3 ایستگاه مطالعاتی (ایستگاه اول: بتوند، ایستگاه دوم: کوه زر، ایستگاه سوم: دشت بزرگ)  انتخاب گردید. نمونه برداری ماهیان با استفاده از تور گوشگیر ثابت، سالیک و ساچوک انجام گرفت. نتایج نشان داد که در این رودخانه تعداد 13 گونه ماهی از 5 خانواده وجود دارند که خانواده کپور ماهیان (Cyprinidae) با 9 گونه دارای بیشترین فراوانی (80/9 درصد) بودند و سایر خانواده ها با یک گونه ماهی حضور داشتند. ماهی تویینی (Capoeta trutta) در هر 3 ایستگاه مطالعاتی گونه غالب بود و در مجموع گونه های تویینی، بوتک دهان بزرگ، بیاح و بوتک دهان کوچک به ترتیب با 41/7، 19، 16/7 و 8/4 درصد بیشترین فراوانی را به خود اختصاص داده بودند. ماهی تویینی به ترتیب با 47/2، 40 و 32/3 درصد بیشترین فراوانی را به ترتیب در ایستگاه های یک تا سه داشت و کمترین فراوانی در هر سه ایستگاه مربوط به گونه ماهی گورخری (Apanius mento) برآورد گردید. میانگین شوری آب در ایستگاه ها متغیر بوده و در ایستگاه شماره 2 (کوه زر) با شوری ppt 7/18 بیشترین شوری و ایستگاه شماره 3 (دشت بزرگ) با ppt 1/91 کمترین میزان شوری را بین ایستگاه های مختلف داشتند. همچنین ایستگاه 2 (کوه زر) با میانگین دمایی  25/35 درجه سانتی گراد و ایستگاه 3 (دشت بزرگ) با 21/75 درجه سانتی گراد بیشترین و کمترین میانگین دمایی را به خود اختصاص داده بودند. در پژوهش حاضر بیشترین تنوع گونه ای در ایستگاه 3 (دشت بزرگ) به میزان 1/93 و کمترین 1/56 در ایستگاه 1 (بتوند) مشاهده گردید (p>0.05)