ماهی کفال طلایی (L. aurata) گونه ای غیر بومی و دارای ارزش تجاری بالا در دریای خزر می باشد. این گونه طی سال های اخیر در اثر ابتلا به بیماری نکروز عصبی ویروسی دچار تلفات شدیدی گردید. در تحقیق حاضر، به منظور ارزیابی و مقایسه ساختار ژنتیکی کفال طلایی در مناطق قره سو و گمیشان (28 نمونه برای هر منطقه) و همچنین نمونه های تلف شده در منطقه قره سو (28 نمونه) از شش جایگاه ریزماهواره ای (Mcs16EM، Mcs15AM، Muso10، Muso19، Muso22 و Muso27) استفاده شد. چند شکلی در تمام جایگاه های ژنی مشاهده شد. در بررسی شاخص های تنوع ژنتیکی، میانگین تعداد الل ها و هتروزیگوسیتی مشاهده شده به ترتیب 14/33 و 0/82 بدست آمد. همچنین از نظر غنای اللی و هتروزیگوسیتی تفاوت معنی داری بین نمونه های مورد بررسی مشاهده نشد. 10 مورد از 18 تست مورد بررسی انحراف معنی دار از تعادل هاردی-وینبرگ نشان دادند. میزان متوسط شاخص های درون آمیزی (Fis)، تمایز ژنتیکی (Fst) و جریان ژنی (Nm) نیز به ترتیب 0/070، 0/033 و 8/40 بدست آمد. به علاوه، پایین ترین فاصله و بالاترین شباهت ژنتیکی بین نمونه های گمیشان و قره سو مشاهده گردید به نحوی که بر اساس دندروگرام UPGMA بر مبنای فاصله ژنتیکی، نمونه های قره سو و گمیشان در گروهی مجزا از نمونه های تلف شده قرار گرفتند.