به منظور بررسی مقایسه شکل بدن ماهی مخرج لوله ای R. amarus در رودخانه های تجن، بابل رود، سیاه رود و تالاب انزلی به روش های ریخت سنجی هندسی و سنتی، تعداد 120 نمونه ماهی (از هر جمعیت 30 قطعه) با دستگاه الکتروشوکر صید گردید. جهت مطالعه ریخت سنجی سنتی، 29 صفت قابل اندازه گیری با استفاده از کولیس دیجیتال با دقت 0/01 میلی متر و 12 صفت شمارشی شمارش شد. برای مطالعه ریخت سنجی هندسی 23 لندمارک توسط نرم افزار tpsDig2 روی تصاویر دو بعدی از سمت چپ ماهی رقومی گردید. نتایج بدست آمده توسط آزمون های آماری چند متغیره CVA/ MANOVA و PCA مورد تحلیل قرار گرفتند. ویژگی های اندازه گیری شده پس از استاندارد سازی داده ها با استفاده از نرم افزار PAST، صفات جدا کننده جمعیت ها و میزان جدایی آنها با روش تجزیه به مؤلفه های اصلی (PCA) مشخص شد و در جمعیت های مورد مطالعه برای کلیه صفات قابل شمارش، هیچ کدام از صفات ضریب عاملی بزرگتر از 0/8 نداشت. همچنین در صفات قابل اندازه گیری فاصله پیش مخرجی، طول سر و ارتفاع سر در مؤلفه اول ضریب عاملی بزرگ تر از 0/8 داشتند. نتایج حاصل از آنالیز واریانس یک طرفه ANOVA نشان داد که بین تمامی صفات به غیر از صفات شعاع منشعب باله های پشتی و مخرجی و شعاع های غیرمنشعب باله پشتی و فلس های بالای خط جانبی، ارتفاع بدن، طول ساقه دمی، طول پیش سر و طول باله مخرجی در بقیه صفات مورد بررسی اختلاف معنی داری وجود دارد(P<0/05). نتایج حاصل از ریخت سنجی هندسی تفاوت فرم تالابی و فرم رودخانه ای را تا حدودی نشان می دهد. ولی در مقایسه خصوصیات قابل اندازه گیری و قابل شمارش هم پوشانی زیادی بین جمعیت ها دیده شده، به طوری که می توان یک از عوامل جدایی ریختی جمعیت ها را تغییرات شرایط زیستگاهی دانست.